沖縄離島ドットコム

滞在時間2時間強になっちゃいますよ。あと2便はどうしても欠航リスクがあるのでかなり危険ですけどね（2便は欠航しやすい）。波照間海運だともう少し滞在時間は長くなりますが、それでも2時間強なので、その2時間強のために往復6000円も払うのがちょっと気になりますね。
なのより欠航リスクがあるので、最終日だとかなりの冒険になりそうな気がします（行ったはいいけど戻れなくなって帰りの飛行機にも乗れない状況）。
あとは時間次第なんですが、行きは船で帰りは飛行機という方法もありますけどね。エアードルフィンで帰ればそのまま石垣空港乗り継ぎになりますので、乗り換えも楽ですからね。時間はエアードルフィンに直接問い合わせしないとわかりませんが、まずは聞いてみてくださいね。
http://www.air-dolphin.com/shuttle.html

4月ならほぼ欠航のことは気にしなくても良い時期ですが、天候、とかく海のコンディションだけは１００％ｏｋとは言えないですけどね。でも今まで4月で欠航になったことは管理人としては一度もありませんけどね^^;

あとRACについては是非乗ってみて下さいね。順番的にはその方が良いかな？最後の波照間を持ってくればそのまま石垣空港乗り継ぎで本土向けの飛行機に乗り継げますからね。行きは船で竹富島から石垣島経由で乗り継ぎ、帰りは飛行機で波照間から石垣空港経由で本土へ戻るって感じが良いかもしれませんね。

波照間２泊、西表島５泊でも良いと思いますよ。あとは島でなにをするか次第だと思いますし、西表島は大きいので宿泊数を増やしても大丈夫だと思いますよ。時間があれば同じ西表島なのに船でしか行けない船浮などに行くのもいいと思いますし、各種ツアーがありますのでいろいろ楽しめると思いますよ。でも西表島の方が出て行くお金は多いですけどね^^;その分満足度も高いですけどね〜。
西表島ではレンタカーは必要なときだけ借りる方が良いですよ。石垣島などに比べてかなり高いですし。しかもツアーなどを使う場合は送迎してくれる場合が多いので、レンタカーが不要になっちゃいますからね。必要なときだけ借りて、あとはツアーの送迎や場合によっては路線バス（１時間に１本程度で混むことはまず無し）を使うと良いかもしれません。あとは宿泊される場所次第ですが・・・利便性やバス利用を考えると上原集落が一番おすすめだと思います。

最後に波照間島へは船の揺れもありますが、移動中遊覧飛行もしてくれる飛行機はおすすめですよ。まぁ予約しないと乗れないので、気軽さは無いですけどね。あと船よりもちろんお金もかかりますし・・・

優先順位は先に西表島でアクティブに過ごして、そのあと波照間島でのんびり過ごすのが良いかな〜？そうすれば帰りが飛行機だと、そのまま石垣空港乗り継ぎで本土行きの飛行機に乗ることもできますからね（帰りの移動が楽）。

宮古〜与那国間はどうしても石垣島経由になっちゃうのが辛いですね。もし行かれるなら飛行機で石垣空港乗り継ぎで行くのが良いかと思いますが、コスト的に・・・^^;やっぱり与那国島へ行くなら石垣島をメインにしたときが良いかと思いますよ。宮古島なら宮古島周辺をメインにした方が移動時間のロスも少なくていろいろ楽しめるかと思います。

ですので与那国島にこだわる場合は石垣島をメインに。宮古島にこだわる場合は宮古島をメインにすると良いかと思います。ですので与那国島と宮古島を同時に巡るのは移動ばかりの旅行になっちゃいそうなので、できれば避けた方が良いかな？

テーマ的には宮古島がおすすめかな？レンタカーが運転できることが前提になっちゃいますけど、宮古ならいろいろなビーチがありますからね。シュノーケリングも１日八重干瀬ツアーに参加して楽しむこともできますし。個人的には平良市街に泊まって、いろいろな場所を日によって巡るのが良いかと思いますよ。南部（来間島）、東部（吉野海岸）、北部（池間島）、八重干瀬、伊良部島という感じでエリア毎に楽しむと良いかと思います。これだけで５日間楽しめますからね〜。場合によっては伊良部島に宿泊しても良いと思いますし、平良ステイだといろいろ自由が効くと思いますよ。もちろん平良なら繁華街もあるので島料理もお酒も楽しめますからね。

まぁあとは与那国をどこまでこだわるかだと思いますよ。