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上原港でレンタカーを借りて大原港で乗り捨てする前提ですとこのような感じかな？

・上原港→浦内川河口（15分）
・浦内川河口→船浦湾（20分）
・船浦湾→大見謝（10分）
・大見謝→仲間川・大原港（30分）

感覚的なものなので実際の時間とは差異する場合もありますがこんな感じです。もちろん浦内川では遊覧船の時間によって左右されますし、船浦湾は潮の干満によって行く時間が変わります。

ちなみに11月初旬はあまり潮が引かない時期なんですよね・・・（最も引くのは深夜で日中はあまり引かない）。なので船浦湾はパスして大見謝と仲間川でマングローブは楽しむと良いかな？

とりあえず浦内川の船の時間は制約がありますのでまずはそれに合わせてスケジュールを組むと良いと思います。あと仲間川も船の時間がありますが、大見謝だけでも十分満足できると思いますので、仲間川の船は乗れれば乗る程度で良いかもしれませんね。

トレッキング無しなら仲間川の方がいいかと思います。浦内川はトレッキングをして初めていろいろ楽しめると思いますので、それを無しとすると仲間川の方がいいかもしれませんね。まぁそのトレッキングが楽しいのですが・・・。

あと回り方も遊覧船を仲間川にすれば大原港入りして最初に仲間川へ行き、由布島、星砂の浜へ行き最後に大原港に戻る途中に西表島温泉に立ち寄る感じがおすすめかと思います。レンタカーを借りれば1日でもOKだと思いますよ。浦内川だと往復の時間およびトレッキングの時間もかなりかかっちゃいますが、仲間川なら遊覧船の時間だけなのでそういう意味でも仲間川の方が無難かもしれませんね。

浦内川の遊覧船の時間が朝早めのものがあれば、午後からバラス（午後2時20分〜東部交通さん）に参加できると思いますよ。浦内川の観光は潮の状態によって船が出れない時間帯もありますので。
でも大潮（もっとも潮が引く時期）の干潮時は正午〜午後３時とかなので、午前中は一番無難かとは思います。

でも体力的に不安な場合は、無難に２日目は星砂の浜でシュノーケリング。３日目の午前中のツアーでバラスへ行くと良いかな？

３日目の竹富島へは、泊まられるのならそんなに時間は気にしなくてもいいかと思いますよ。午後１時半の八重山観光フェリーがおすすめかな？
ちなみにバラスの午前中のツアーは午前9時50分〜午前11時30分ぐらいなので、間に合うと思いますよ。

最後に西表島ではレンタカー借りますよね？無いと移動がかなり厳しいですけどね。上原〜浦内川ぐらいなら自転車でも移動は可能ですが、体力的に厳しそうですからレンタカーが無難だと思いますよ。