沖縄離島ドットコム

1.個人でのシュノーケリングは時期的には無理でしょうね。ツアーもこの時期はあるか否かわかりませんので（ダイビングのみの可能性が高い）、とりあえずダイビングサービスをやっている民宿くろしまさんに相談してみてはいかがでしょう。でもこの時期に無理してまで泳がなくても良いかと思いますが。。。
あと黒島では初日で十分黒島巡りは出来ちゃいそうですね。２日目は移動日でもあるので、気に入った場所があればその場所でのんびり過ごすのも良いですし、イマイチなら石垣に早めに戻っちゃうのも良いかと思いますので、あとはそのときの気分次第で良いと思いますよ。管理人なら２日目は宿でのんびりビールでも飲んでいそうな気がしますけどね（笑）。

2.グラスボートなら川平湾のグラスボートはおすすめらしいですよ。２日目の黒島の日に早めに石垣に戻って、バスで川平まで往復して行くのもいいかもしれませんね。もし２日目で黒島でのんびりしていたくなればそのまま最終便まで黒島に居てもいいと思いますし、いまいちなら石垣に戻って川平って感じでもいいかと思いますよ。
あと３日目は今までの旅行を考えると西表島でレンタカーを借りていろいろ回るのが良いかな？そうすれば由布島も行けますし、滝巡りも一応できますからね。レンタカーを運転できない場合は西表島はこの時期はちょっと難しいかもしれませんけどね。まぁ西表周遊ツアーに参加する手もありますけど、あとはお任せします（笑）。
ちなみに由布島は観光地なので無理してまで行かないでも良いかな〜って思いますよ。西表島の場合は大自然をもっと味わった方がいいかな〜って思います。