沖縄離島ドットコム

公平を期するため具体的なショップ名は上げませんが、基本的に「少人数」のショップがおすすめです。少人数ならスタッフも気配りしてくれますので安心できると思います。

あとポイントは石垣島北部の方がサンゴも魚も多いと思います。米原や川平などから出るツアーが良いかもしれませんね。無難なところで白保から出るツアーも楽しめるかも？

大物を見たいならビーチエントリーではなくボートシュノーケリングツアーに参加すると良いですよ。ツアーによってポイントが変わりますが、米原や川平からのツアーならアウトリーフへのツアーになると思いますので、大物も見れるかもしれませんよ。

ちなみに竹富島周辺はドロップオフがあまりないのであまりオススメではないかも？

ポイントとしては石垣島北部や西表島と小浜島の間などかな？ショップについてはいろいろありますのであとはご自分でお探しください。探しやすいのは川平や米原や野底周辺の石垣島のショップかな？

ちなみにビーチエントリーでアウトリーフへ行くのはかなり危険なので、かなりのシュノーケリング（素潜り）の経験がない限りはオススメできません。アウトリーフはエントリーも難しいですし、一度エントリーしても海から上がるのも一苦労なので無理しないでくださいね。

別の方からもレスがあると良いのですが・・・。
シュノーケルもパラセイリングも経験はありませんが、JALツアーズで日航八重山とはいむるぶしの利用経験はありますので参考までに。

まずホテル候補について。
はいむるぶしは小浜島、他の3つは石垣島にありますが、はいむるぶしは何か理由がありますか？そうじゃなければ基本的には石垣島を拠点にして各離島へ渡るのが効率が良いと思います。西表へも行きたいようですしね。

で、残り3つの石垣のホテルですが、単純に離島桟橋への距離は日航八重山が一番近く、直線で1km強程で歩くことも可能です（但し、帰りは登りなので疲れているときついかも？）。他のホテルは車若しくはバスですかね。
日航八重山は施設は古いですが、大浴場のにいふぁいゆは一日の観光疲れを流すには良いですよ。また、各レストランの食事もなかなか美味しいです（リゾート感は他の3ホテルには負けますが(^ ^;)）
ホテルは他に選択肢はないのですか？あれば挙げてみるとまた何らかのレスがつくかも。

因みに我が家の八重山旅行時は以下のような感じです（いずれも3泊4日）。
1：日航八重山3泊、2日目；日帰りで西表、3日目；石垣観光（初日・最終日は殆ど移動）
2：1・2泊目；はいむるぶし（小浜でのんびり）＋3泊目；石垣イーストチャイナシー（最終日午前中に駆け足で竹富島）
（＊次回は1泊目：竹富島、2・3泊目：離島桟橋目の前のホテルミヤヒラ）

シュノーケル・カヌー・パラセイリングの経験はありませんが、パラセイリングは石垣島北部の明石海岸辺りで飛んでいるのを見かけたことがあります。こちらの口コミでも検索してみて下さい。