沖縄離島ドットコム

こんばんは。旅行の相談です。
１０月中旬か１１月上旬から石垣か宮古に行きたいです。最高で５日間休みが取れます。
車の運転が不安なので石垣にかたむきつつありますが、明石や川平へのバスは頻繁にあるんでしょうか？　また、石垣＋離島のどこかに行きたいのですが、黒島・西表・波照間どこがいいか迷ってます。波照間は行ってみたいけど、船が荒れるそうですね。理想は綺麗な海を眺めて、カフェでぼーっとして島時間を満喫したいです！シュノーケルはしたいです。
八重山フリーパスを使えば波照間与那国以外は行けるそうですが、それは石垣の港で買えるんでしょうか？
島旅をしたことがないのでどうやって決めていったらいいか悩んでいます。
石垣が始めての人向けのおすすめコースをおしえてください。よろしくお願いします♪