沖縄離島ドットコム

難しいですね(笑)・・・
個人的な意見で申し訳ありませんが、自分なら「５日間を伊良部９日間を宮古」のように分けて行くか、もしくは「全日伊良部にする」かを悩む所から始めます。どちらにしても全日レンタカーが必要でしょう。遊ぶ場所への移動もそうですが、買出しもお子さん同行となるでしょうから。
宿泊場所の評価としてはクチコミをどうか参考にしてください。さしばの郷はだいぶ「虫」の事が(朝ズボンの中にムカデが！とか)、ブリッサは部屋を掃除していない？、バイナガマビーチリゾートは部屋の臭気についてが書かれていたと思います。自分としては長期逗留ですから、ビーチに近い事や買出し場所に近い事よりも、住みやすさ(不潔でない、臭くない)や環境(騒がしくない、できれば眺望が良い)を優先して考えます。
もちろん全て満たされている所があれば理想的なんですが、一番最初に書いたようにそれは難しいかと・・・　雪太郎さんは何を優先して考えていきますか？宿の快適さ？環境としてののんびり度(静かさ)？買出し・ビーチへの利便性？楽しめるポイントの多少？
表題どおりなら「いなうの郷」か「バイナガマ」になりますよね。
もう既にチェック済みかもしれませんが、僕の知る限り宮古島では他に
●博愛マンション：以前はマンスリーのみだったが今は一週間以上なら可に。
●ウィークリーマンション梧空：バイナガマビーチリゾートと同経営。
●フジレンタカーのマンションパック：レンタカーが1日1000円に。
などがあります。
以上は私見ですので、どうか参考までにしてください。そして楽しく悩んでお決めくださいね(^^)