1.海草や藻については時期よりその前後の海の荒れ方次第だと思います。おしらく以前行かれたときは行く直前の海が荒れていたのかもしれませんね。
4月はそういうことも多いですが、逆に7月になると台風の可能性があるので、結局のところどっちも同じかと思います。まぁここ数年の傾向からすると7月の方がいいかもしれませんね。ちなみに7月には石垣島でオリオンビアフェストというお祭りもありますので、時期が合うといいですね(まだ日程は未定ですが)
2.
波照間島がお勧めだと思いますよ。日程的にも十分時間がありそうなので日帰りでも良いので
波照間島には行って欲しいと思います。あとお子さんが6歳なら西表島のアドベンチャー的なものも楽しめると思いますよ。
3.バラスは常にサンゴの陸地が出ていますが、幻の島(=浜島)は潮の干満によって砂の陸地の出方が変わります。でもバラスも浜島も上陸は可能だと思いますが潮の引きが大きい日に行くのがおすすめです。
http://www.data.kishou.go.jp/db/tide/suisan/suisan.php?stn=IS4.離島桟橋に近いホテルがお勧めです。無難なのはミヤヒラ、チャイナシー、ベッセル、グランビューってところでしょうか?
http://www.ritou.com/spot/viewhotel-ishigaki-is38.htmlレンタカーは石垣島観光する1日のみであとは港から他の離島へ行ったりツアーに参加したりすればいいですからね。レンタカーは必要なときに現地手配で十分だと思いますよ。
ちなみに久米島か八重山か迷われているようですが、久米島はもう少し短い旅行の際に計画すると良いと思いますよ。
2泊3日が一番いいかな〜(中1日にはての浜へ行くという意味)。
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