沖縄離島ドットコム

小浜3泊は正直、少々時間をもてあますかもしれませんので、小浜島からだと竹富島へは直接渡ることが出来る船がありますので、小浜にいるときに竹富は日帰りするといいかと思います。西表島も小浜から直通の船はあるものの、時間がとても厳しいので、やっぱり石垣から1日かけて日帰りするのがおすすめです。

でもレンタカー無しで行くとなると、正直ホテルのツアーを利用するといいかもしれませんよ。ホテルからなら1日で西表（由布）・竹富を回れるツアーがあるので、それに参加した方がいいかもしれませんね。
http://www.haimurubushi.co.jp/play/sightseeing/index.html

まぁ竹富島は車を必要としないので、石垣からの日帰りでもOKなので、小浜島からは西表のみのツアーに参加するのもいいかと思います。滝巡り付きのツアーがおすすめかと思います。ちなみにお石垣島から竹富への日帰りは、当日離島桟橋へ行って船のチケットを買えばOKですので自由に行けると思います。

あとは小浜からだと皇さんのツアーで新城島へ行くのもいいと思いますよ。
http://www.ritou.com/spot/view-aragusuku-a205.html