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初日が移動のみなら、万座に行く前に首里城に行ってしまってもいいかもしれません。とりあえず那覇空港に着いたら荷物はロッカーかクロークサービスに預け、モノレールで首里城まで往復すると良いかと思います。今回はバス移動ということなら初日の早い時間にホテルについてもチェックインまでになるかもしれませんので、到着日も有効に使うと良いかもしれませんね。そして夕方は万座へ移動してあとはのんびり過ごせばいいかと思います。ちなみに首里城は2時間ぐらいあれば十分回れると思いますので、往復の時間を含めても3時間あれば良いかな？ランチも首里城周辺で取るといいと思いますので、万座に向けては午後3時過ぎぐらいのバスでも良いと思いますよ。

そうすれば2日目は1日丸々使えると思いますので、朝から水族館へ行ってもいいと思いますしね。万座から水族館までは路線バスで名護バスターミナル乗り継ぎでもいいと思いますし、一部タクシーを使ってもいいと思いますし、お金に余裕があれば観光タクシーで水族館以外もいろいろ回ると良いかと思います。帰りは名護バスターミナルから高速バスで一気に那覇に戻ると良いかと思います。

なので2日目はホテルから観光タクシーで水族館や他の場所を巡ってもらって名護バスターミナル帰着にしてもらい、那覇までは高速バスで一気に戻るといいと思いますよ。観光タクシーなら出発地（万座）と帰着地（名護BT）が違ってもOKかと思いますからね。あくまで時間換算となると思いますので。まぁ水族館や他の観光地も含めて4時間か6時間で十分かと思いますよ。