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どのみち石垣市街から川平までの往復もありますので、4日間全てレンタカーを借りた方が無難かと思いますよ。石垣市街なら安いレンタカー屋さんもありますので、結果的に4日間借りた方がお得かもしれません。

全体のスケジュールが分からないのでなんとも言えませんが、29日に川平へ行く前にレンタカーを借りて、1日に石垣に戻る際に返却すると良いかと思いますよ。ABCレンタカーやフジレンタカーなどでも4日間で免責込みで15000円〜20000円前後で済むかと思います（ハイシーズン扱いなのでやや高いと思いますが・・・）。

タクシー代とかバス代とか石垣島内での移動を考えると、石垣市街で送迎対応してくれるレンタカー屋さんで4日間借りた方が良いかと思いますよ。