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鳩間島をどこへ持っていくかがポイントですね。鳩間島へ石垣島からだと行きやすいのですが、西表島からだと意外と行きにくかったりしますからね。3月はまだ船が少ない時期ですので、西表島→鳩間島への定期便は夕方のみですし、鳩間島→西表島は朝のみですので、鳩間島での滞在時間がちょっと1泊だと短くなっちゃいそうですね。定期便以外に郵便船という船もありますが、これは平日運行なので今回の飛び石連休ではあまり上手く利用できないかもしれません。

なので鳩間島へは夕方の船で行って、次の日の朝の船で西表島に戻るって感じが良いかと思います。初日か最終日に鳩間島を持ってきた方がいいかな？

鳩間島の宿についてはあだなしさんや瑠璃さんなら素泊まりなので安上がりでいいと思いますよ。西表島の場合はのんびりするならレンタカーを借りないので上原周辺に宿泊して、あとは歩きや自転車でのんびりすると良いかと思いますよ。上原・船浦・中野・住吉といった西部（北部）なら宿も多いですし、のんびり観光にも便利だと思いますからね。ドミトリーは少ないですが素泊まり宿や安い民宿などもありますので、あとはご希望次第って感じかと思います。

全般的な日程としてはこんな感じかな？
19日　西表島へ移動。自転車や徒歩で行ける範囲を観光。
20日　できればカヌーなどのエコツアーに参加。
21日　浦内川で滝巡り＆星砂の浜などへの観光。
22日　のんびり観光。その後鳩間島へ移動。
23日　鳩間島を朝出発。西表島経由で石垣島へ戻って、残った時間は石垣島で過ごすのも良いし、竹富島へ日帰りするのも良し。