沖縄離島ドットコム

日帰りするなら渡嘉敷島が一番無難ですね。フェリーで往復しても十二分に泳げますし、しかも最も安上がりですからね。島内での移動手段はバスを利用すれば良いかと思いますし、レンタルバイクやレンタカーを借りても良いかと思います。バスならとりあえず阿波連まで行けば1日楽しめると思いますよ（海も景色も食事も楽しめます）。
ちなみにどうしても徒歩ということなら、トカシクビーチまでなら管理人なら30分、普通の人なら45分で行けます。しかし途中山を一つ越えますので、かなりきついですけどね。でも不可能ではないと思います（阿波連は徒歩では無理かな）。

ナガンヌはツアーでしか行けませんし、行ってもシュノーケリングはあまり期待できませんよ。マリンスポーツをするなら良いですが、そのためにツアーに参加するのもどうかと・・・。

コマカ島は那覇からだとバスで安座真港（サンライズ知念）まで行かないとダメですね。その移動のロスが大きいですね。しかもコマカ島は海水浴するって感じですので、それなら安座真港から久高島に渡る方がおすすめかと思います。ちょうど久高島の情報を大量に追加しましたので、もし検討にいれるならいろいろチェックしてみてくださいね。
http://www.ritou.com/ritou/kudaka.shtml

最後に初日の半日の話。まぁ無難なところでバスで北谷まで行くことかな〜？アラハビーチなんておすすめですよ。近くにスーパーもありますので、スーパーでなんか買って、ビーチで食べるってのも良いですしね。