沖縄離島ドットコム

離島桟橋から徒歩５分、波照間島や与那国島へのフェリー乗り場側に駐車場はありますよ。無料駐車場と有料駐車場があるかと思います。ちなみに場所はこんな感じ。

離島桟橋はここ
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.33.1N24.19.59.9&ZM=10
フェリー乗り場の駐車場はここ
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.35.1N24.19.51.5&ZM=10

この２つは徒歩５分もかからないですよ。

レンタカーは宿の場所次第ですが、３，４日目だけで良いと思いますよ。あとは離島桟橋が徒歩圏内なら、徒歩で行くといいと思います。３日目は平久保や玉取なども行って下さいね。川平も３日目で行けちゃうかもしれないので、その場合は最終日はまた竹富島でも良いですし、小浜島なんかものんびりできて良いかもしれませんね。

焼肉のやまもとは、石垣牛を食べたことがないなら、是非おすすめです。要予約で７時には入店しないと肉切れになっちゃいますので、注意しましょう。味は最高ですよ。

ツアーはHISでもいいかと思いますが、１泊付き往復航空券が安くておすすめです。もしHISにない場合は、離島ドットコムトップページ右上のサ○○ツアーでも扱っていると思いますし、トップページ左上の「往復航空券+1泊」のリンクからもいろいろ探せると思います。