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石垣〜宮古間には飛行機便もありますので、計画次第では急ぎ足にならないでも済むかもしれませんよ。むしろ本島の方が首里城でも水族館でも移動に時間がかかりますので、ご希望通り宮古と石垣で考えても良いかと思います。出発地がどちらかわかりませんのでなんとも言えませんが、本土からの直行便もありますからね。

八重干瀬はグラスボートが池間島から出ていますのでそれを活用すれば時間的にも良いと思います。八重干瀬ツアーになると丸1日かかっちゃうので効率の面からもグラスボートがおすすめかな？

あと宮古の宿に関してはアトールも大浴場はありますが、ブリーズベイにもありますね。でも食事などを考えるとアトールの方が便利で良いかもしれません。宮古には宮古島温泉なるものもありますので観光途中に立ち寄るのも有りかな？

石垣島の場合はミヤヒラがオススメですよ。離島桟橋の目の前ですし大浴場もありますからね。日航八重山も大浴場はありますがいかんせん港から遠いですからね。石垣島の場合は港に近いことがやっぱり便利ですからね〜。そうすれば西表島などへの日帰りも気軽に行けると思いますので。ちなみに仲間川クルーズに関しては階段など歩きはあまりありませんのでご心配要らないと思いますよ。とりあえず西表島では仲間川クルーズ以外も含めていろいろ観光するためにレンタカーを借りればツアーなどに参加しなくても楽しめると思いますからね。

最後に3泊なら宮古1泊に石垣2泊が良いかな？その分、宮古〜石垣間の飛行機は宮古にいる時間を長めにとれる便にすると良いかと思いますよ。あと本島に関してはこの宮古＆石垣にするか否かなので、あとはお任せします。本島は移動がいろいろ大変なので今回は離島のみでも良いかと思いますよ。若しくは石垣か宮古のどちらかに絞って本島観光するって感じでお考えください。