沖縄離島ドットコム

波照間島の宿はやどかりさんでも良いのでは？隣りに花HANA食堂があるので食事には事欠きませんし、冨嘉商店もあるので買い物も不便しませんからね。ニシ浜までも歩いていけますしね（ちょっと距離あるけど）。

西表島の宿ですが、個人的には「まるま荘」さんがとっても気になっています。まだ泊まったことは無いですが、ビーチと隣接している宿ですし、庭でのんびりするのもなかなか良い宿じゃないかな〜って思います。上原集落も近いので、管理人お気に入りの無人販売所でフルーツなども食べられそうですし、こちらも商店が近いので便利です。
あけぼの荘さんがベストですが、この２つでご検討されてはいかがでしょう？
http://www.ishigaki.in/view-iriomote-akebono.html
http://www.ishigaki.in/view-iriomote-maruma.html

ちなみに西表島でのシーカヤックツアーは山ほどありますので、宿以上にここ！って言うのが難しいです。サイトでは村田自然塾さんと風車さんをお薦めしていますが、他にもいろいろありますので現地に行ってから予約するのでも問題ないと思いますよ（前日予約ならオッケーかも）。