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まずは本島で珊瑚礁はあまり期待しないでください。どうしても本島は開発によって海はいろいろ影響を受けていますので、珊瑚はあまり楽しめないと思います。水納島でも瀬底島でもそして大渡海岸でも。とりあえず魚は楽しめますので、南部なら大渡海岸。北部なら水納島よりもいろいろありますが瀬底島の方がおすすめですよ。水納島は管理されている海なので魚は居てもちょっと天然さは無いかもしれません。

ちなみに大渡海岸は有料駐車場がある側だとシャワーなどもありますが、穴場の入口だと何もないので有料駐車場側に行かれると良いかと思います。干潮時にはプールのように穏やかになりますので、干潮時を狙って行かれるのがおすすめです。

瀬底島に関しては逆で干潮時だと潮が引きすぎて泳ぎにくいのである程度満ちている時間がおすすめです。施設についてはこちらも有料駐車場にセットする形でシャワーもありますので施設としては心配要らないと思います。ちなみに瀬底島は本島と橋でつながっているのでご安心ください。

あと古宇利島の橋の下もシュノーケリングできますが、魚はあまり居ないものの広大なプールのようである意味楽しいですよ。こちらも橋でつながっていますのでご安心ください。

メジャーな場所なら真栄田岬も自由にシュノーケリングできますよ。珊瑚は無いけど魚は多いです（人も多いけど）。それと施設がない場所でも良ければ北谷の宮城海岸（砂辺）も人気の場所ですけどね。どちらもダイバーなど人が多いのが難点ですが^^ゞ