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レンタカーは石垣島の場合は石垣島観光をする場合に１日だけ必要ですね。初日が大原ホテルならレンタカーはいらないかも？でもロイヤルマリンパレス泊の場合は、レンタカーがあった方がいいと思います。
西表島では過ごし方と宿泊されるホテル次第ですが、あった方が便利かと思います。食事とか外に出る場合は西表の場合は車が無いとかなり厳しいですからね。

シュノーケリングの場合は、西表島ステイの時にバラスに行くと良いでしょう。石垣島ステイの時なら石垣島観光の時に米原に行くと良いかと思います。この２ヶ所を抑えておけばかなり楽しめると思います。

仲間川や浦内川は遊覧船があるので、とりあえず河口まで行けば個人手配でもジャングルクルーズは楽しめますよ。由布島もとりあえず由布島入口まで行けば、あとは水牛車に乗るだけなので、レンタカーがあればツアーは必要ないと思います。

マンタは石垣島でマンタスクランブルポイントに行ければいいですが、体験ダイビングで行けるか否かはわかりません。ショップに聞くしかないですね。基本的には石垣島のショップが一番無難かと思います。ちなみに管理人はダイビングしないので、ショップはよく分かりませんのであしからず。

離島桟橋から空港まではバスで200円。タクシーで1000円ぐらいで行けますよ。タクシーは離島桟橋で客待ちしていますし、バスは離島桟橋から徒歩５分のバスターミナルまで行けばすぐ乗れます。

問題は初日と最終日の飛行機の時間ですね。それ次第で過ごし方変わりますので。初日に時間があれば竹富島観光がいいかもしれませんね。レンタカーいらないですし。最終日は飛行機の時間にあわせて出来るだけ西表島にいるのが良いかと思います。