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1.1日目の石垣島の時にできればツアーに参加して、基本的なことを学んでからシュノーケリングに臨んでください。とにかく海は危険がつきものなので、あまり無理せずまずは講習をしっかり受けてからフリーでは泳ぐようにしてください。そういう意味でも1日目は必要かと思います。まぁ基本的な事を学ぶのがメインなのでそんなに長い時間のツアーでなくても良いと思いますけどね。白保でも良いですし、米原でもシュノーケリングツアーはあると思いますので、最初に参加してください。そうすれば波照間でも黒島でもある程度自由に泳げるかもしれませんからね。

2.無いです。レンタカーは1日目だけでも良いかと思います。最終日に関しては1日目に石垣島観光しているのでこの日は別のご予定にされた方が良いかと思います。半日シュノーケリングツアーに参加して、もう半日は竹富島あたりに行かれるのもいいかな？もちろん1日ツアーに参加しても良いかと思います。石垣島発のツアーなら送迎もあるものも多いですからね。ちなみにホテル〜離島桟橋はバス（片道200円）が30分に1本は出ていますし、タクシーでも片道1000円もかかりませんので、あとは臨機応変に交通機関を活用してください。

3.4日目は先の話通り、石垣島観光ではなく他のツアーに参加すると良いかな？って思います。もちろんバラスでも良いですが、とにかく石垣島発のツアーに参加した方がいろいろ楽なのでおすすめかと思います。でもバラス＆鳩間のツアーもなかなか良いですけどね（しかし西表島までの移動は自力移動になりますが）。

4.うんどうやさんのツアーに参加すると、仲本海岸で泳ぐのは難しいかな？観光は朝早めの船で黒島に渡れば多少は可能かと思います。それかパナリツアーの終了時間を午後4時とかちょっと早めにリクエストしておけば、最終便は午後6時10分の安栄観光なのでそれまでの2時間程度は時間が出来ますからね。

5.波照間島のニシ浜については潮の干満にはあまり影響されないと思いますので大丈夫かと思います。仲本海岸については先の話通り時間的に泳げるか否かの方が問題かと思いますが、こちらは逆に干潮時の方が泳ぎやすいかもしれません。米原などは干潮時は泳ぎにくいので、あとはその日その時間その場所次第かと思います。水深1mを越えるぐらいの時間帯が一般的にはおすすめかと思います。

6.海の中はまだ水温が高いので問題ありませんが、あとは海から上がった直後が寒さを感じるかもしれません。なのでビーチなどで風があたらない場所を予め探しておいて、海から上がったらすぐに水分を拭き取ることを心がけると良いでしょう。あとは天気次第ですが・・・。