沖縄離島ドットコム

石垣島のナイトツアーはいくつかあると思いますが参加したことがないのでなんとも・・・石垣空港へ着いたときに空港到着ロビー内に置いてある石垣島タウンガイドなどのフリーペーパーを手に入れて、それを見てから予約しても間に合うと思いますよ。その方がリアルタイムの情報を得ることが出来ると思いますし（ネットで調べても今の時期やっている確証がないので）。

西表島に関してはジャングルを遊覧船行くかカヌーで行くか次第ですね。遊覧船なら由布島もセットになっているツアーがありますからね。個人的には遊覧船は仲間川より浦内川の方がおすすめだと思いますけどね。
http://www.hirata-group.co.jp/reservation/detail.jsp?id=000013
http://www.hirata-group.co.jp/reservation/detail.jsp?id=000012
http://www.hirata-group.co.jp/reservation/detail.jsp?id=000040

カヌーになるととりあえず個人手配で西表島まで行って、エコツアーに参加すると良いと思います。強制的にトップページへ転送されてしまうので、説明しにくいサイトですが、このサイトの左メニューの「ツアー」をクリックすると、西表島内のいろいろなツアーが見れると思います。その中のジャングルアドベンチャーツアーなら由布島とカヌーが一緒になるツアーもあると思います。
http://www.iriomote.com/

個人的には遊覧船よりカヌーの方が楽しいと思いますけどね。あとは体力次第かな？