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ジェットで往復なら与那国島には丸々24時間の滞在になりますね。与那国島はアップダウンがキツイので島巡りをする際はレンタルバイクかレンタカーがあると良いですね。この足があれば半日で与那国島観光はできると思いますよ。ですのでまずは足となる交通手段を２４時間借りると良いかな？
あとは与那国島で泳ぐか否かだと思います。もし泳がれるなら海底遺跡へのシュノーケリングツアーなんかも良いかと思いますよ。確か午後１時から参加可能ですので到着日にすぐに行くことが出来ると思いますので時間的にも効率いいかと思いますし。その後与那国島観光しても十分その日中に主要なスポットへは行けると思いますし。まぁツアーに参加しないで半日島巡りする際に途中ビーチなどで泳ぎながら回るのも良いかと思いますけどね。
そして翌日は午前１１時台の飛行機だと思いますので、２時間ぐらい時間がありますので、前日行きそびれた場所やまた行きたい場所などを巡ってから飛行機に乗っても大丈夫だと思いますよ。

ですので与那国島は時間的にもそんなに問題ないと思いますよ。ちなみに初日と最終日の飛行機の時間次第で石垣島から先の離島にも足を伸ばすことが出来るかもしれませんね。