沖縄離島ドットコム

民宿泊は問題ないと思いますよ。赤ちゃんの夜泣きがある場合は確かに気にされるかもしれませんが、反抗期のお子さん（笑）なら大丈夫だと思いますよ。あとはそのお子さんがその民宿のような雰囲気に慣れるか否かだと思いますよ。なのでおすすめするのはお子さんのことを考えてあまり濃いゆんたく（宿泊者同士の交流）が無いところが良いかと思います。

黒島ならきれいでプライバシーも確保できていろいろな場所でのんびりできる「なかた荘」さんがおすすめかな？

竹富島だと安いところで「嶺本館」さんかちょっとリッチに「ヴィラたけとみ」かな？

西表島だと宿はいろいろありますので悩みますけど、住吉の「さわやか荘」、上原の「うえはら館」、星砂の浜の「ペンション星砂」なんかが良いかな？って思いますよ。とりあえず西表島の上原〜星砂〜住吉周辺には宿が多いので、いろいろクチコミなどを参考にしてみて考えてみてくださいね。
http://www.ishigaki.in/iriomote-top.html

ちなみに浦内川のトレッキング（滝巡り）はきちんとした遊歩道になっていますので簡単にわかります。でも遊歩道は土ですのである程度汚れてもいい靴やズボンで行かれるのがおすすめですけどね。

あと蛇っていうかハブは夜行性なので、日中は気にしなくても大丈夫だと思います。とりあえず草むらに近づかなければ普通の遊歩道や道路なら心配要らないと思います。万が一草むらに近づかなければならない場合は、長い枝の切れ端で草むらを探ってから近づくと良いかと思います。でも基本は夜行性なので大丈夫だとは思いますけどね。まぁピナイサーラはツアーで行かれると思いますので、ショップの人の指示に従ってくださいね。

なので浦内川のトレッキングはきちんとした遊歩道なのでハブも迷子も心配いらないと思います。またピナイサーラはツアーなのでショップの人についていけば問題ないと思いますよ。

ちなみに上原便が欠航の場合は、大原港までの移動ないし大原港からの移動は船会社のバスに無料で乗ることが出来ますので、特に自力で行くって感じではないかと思います。でも乗り場や時間などは事前に船会社に確認する必要がありますけどね（どのみち欠航しそうなときは事前に船会社に電話するのが基本になりますが）。

おすすめなのは渡嘉敷島のトカシクビーチかな。とかしくマリンビレッジなら目の前がビーチだし、ちょっと泳げば珊瑚礁や魚も多いですし、トカシクビーチにはウミガメが住み着いているらしいので、ウミガメにあえるかもしれませんしね。リゾートホテルって感じではなく、単なるホテル的ですが海側の部屋はまさにオーシャンビューですので、過ごし方を割り切れば（リゾートを必要以上に望まなければ）まずまず快適かと思いますよ。
徒歩0分　http://www.kerama.in/view-tokashiki-tokashiku.html

同じ慶良間の阿嘉島でもヒズシビーチや阿嘉ビーチなら徒歩圏内で海と宿を行き来できますよ。阿嘉島の場合はどの宿でも同じ感じで歩いていけますので島自体おすすめかと思います。もちろんシュノーケリングもとっても楽しめる島ですのでご検討くださいね。
阿嘉島の宿　http://www.kerama.in/aka-top.html

あと黒島の仲本海岸近くの民宿もおすすめですね。仲本海岸ならシュノーケリングには楽しいですし、徒歩数分で民宿まで戻れますからね。民宿くろしまさんや、民宿のどかさんなんか良いかと思います。
徒歩5分　http://www.ishigaki.in/view-kuroshima-kuroshima.html
徒歩5分　http://www.ishigaki.in/view-kuroshima-nodoka.html

それと石垣島の北部、米原周辺にも宿から徒歩圏内でビーチに行ける宿がありますよ。米原は石垣島でのシュノーケリングでは最もメジャーかもしれませんからね。こちらもおすすめだと思います。
ティンガーラ　http://www15.ocn.ne.jp/~tinga-la/
花城　http://www.ishigaki.in/view-ishigaki-hanashiro.html

というように、さすがにモルジブレベルのリゾート！リゾート！的なところは無いですが、ちょっと歩いてもよければ民宿でもいろいろありますよ。

貴重なアドバイスを参考に日々妄想(^。^;)旅程が決まりました。
1〜3泊目　 黒島マリンビレッジ　　　仲本海岸でスノーケリング三昧
4泊目　　　竹富島　のはら荘　　　　赤瓦の民家建築を体験したい〜
5泊目　　　石垣島　民宿花城　　　　米原でスノーケリング三昧
わがままな条件の中で珊瑚が元気なポイントを教えて頂き本当にありがとうございました。
5月初旬(梅雨かな？)の出発にむけスノーケリングの夢をみる日々です。いつも潜る前に目が覚めますが・・・
戻りましたら宿の口コミ投稿しますね！