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5日間久米島はちょっと長いかな？そういう意味で宮古島の方がおすすめですけどね。

宿については小さなお子さん連れで海が近いところとなると、宮古島から船で渡って行ける伊良部島の「いなうの郷」かな？民宿なので料金も高くないですし、目の前にはビーチがあって、しかも遠浅なのでお子さんにも楽しめると思いますよ。

なので今回は4泊ということなので、2泊は伊良部島でもう2泊は宮古島って感じがおすすめかと思いますよ。

宮古島の宿に関してはベストなのは東急リゾートなんですがやっぱり高いですからね。あとはコンドミニアムか貸別荘なんかも宮古島ならいろいろありますのでおすすめですよ。ご家族連れだとそういったタイプの方が過ごしやすいかもしれませんしね。宮古なら食事無しでもすぐに食べに行けますので、貸別荘かコンドミニアムも検討してみてはいかがでしょう？特にパイナガマビーチ近くのコンドミニアム系の宿は歩いてビーチまで行けますしコンビニや居酒屋や食事処もあるので便利ですよ。

http://www.ritou.com/miyako/miyako-C.html

民宿レベルではありますが、ホテルクラスだとあまり無いと思います。見れるけど泳ぐにはイマイチ、もしくは泳げるけど景観的にはイマイチって感じになってしまい、両方兼ね備えているのはとかしくマリンビレッジぐらいかな？って思います。

宮古島の東急リゾートは見る海としては最高ですが、シュノーケリングにはイマイチ。石垣島のシーサイドホテル、久米島のイーフビーチホテル、そして沖縄本島各地のリゾートホテルなどは見る分には良いですが、泳ぐにはイマイチ。

ホテルじゃなくてもペンションやプチホテル・コテージなどでよろしければもう少しいろいろありますけどね。でも実際にその海を泳いだことがないので海の中はなんとも言えませんが。伊良部島のヴィラブ、池間島のニーラ、石垣島のYugafuYamabareなどなど。

正直シュノーケリングが出来てオーシャンビューでオンザビーチなのはとかしくだけのような気がしますけどね^^;海が近い＝台風の影響がモロって図式がありますので、あまりオンザビーチのホテルは多くは無いのが実情かも？

２歳ならもう歩けますね。でも沖縄の強い日差しには気をつけて下さいね。お子さんにはかなりキツイ日差しかと思いますので、日除け対策だけは万全にしてくださいね。

まずは浜から簡単にシュノーケリング出来る場所といえば、宮古島だと吉野海岸や新城海岸かな？この２つならリーフに守られているので流れもそんなにきつくないので、おすすめです。でもレンタカーは必須ですけどね。
来間島の長間浜はちょっと流れがあるので、行ければ行っても良いですが、注意しましょうね。あと池間島のロープで降りるビーチもシュノーケリングには最適ですが、長間浜同様、シャワーもトイレも無いので、その点注意しましょうね。

ホテルについてはその選択肢でもいいと思います。でも２歳ぐらいならどの宿でも大丈夫だと思いますよ。民宿などでも宿のオーナーさんが子供をかわいがってくれそうだし、今回はお財布の中身と相談しつつ、泊まりたい宿に泊まると良いと思いますよ。
基本的にホテル的なものがお望みなら、マレアは良いですね。海が近いのでお子さんにはとっても良いかと思います。アトールエメラルドは市街地にあるので、まぁ夕食とかには便利ですけどね。パイナガマビーチまでもそんなに遠くないので、こちらもお子さん連れにはおすすめだと思います。
この２つの場合はホテル近くの利便性をとるならアトールエメラルド。環境をとるならマレアって感じかな？

それと宮古島では基本的にレンタカーが必要になっちゃいますが、運転はできますか？それ次第ってのもありますね。

お洒落じゃないけど、のどかでめちゃくちゃ美味しい沖縄料理が食べられる民宿「農家民宿津嘉山荘」がおすすめです。とにかく飯が最高。ココ以上に美味しい食事を出してくれた民宿は他に無い！って言っても過言じゃないほどです。
宿自体はキレイっていうよりアットホーム。ここのおかあさん「千代さん」が明るくて最高のキャラです。
ここなら宿＆食事の一石二鳥でいいと思いますよ。
http://www.ritou.com/yado/view-miyako-tsukayama.html

キレイ系はちょっと分からないですね〜。キレイって判断基準が人それぞれですので。コテージじゃないけど、宮古島東急リゾート隣にある「マレア」って宿はとっても綺麗でおすすめです。とにかく海が近いので海遊びには最適。
http://www.ritou.com/yado/list.cgi#miyako

ただ宿以外での食事がなかなか難しいですが、さっき紹介した津嘉山荘は、予約制ですが外来でも食事できますので、マレア泊なら外来で食事しに行くのも良いかも。おいシーサーってお店として食事のみもとれますよ。
http://www.ocvb.or.jp/card/ja/0400004949.html

でも津嘉山荘に泊まれば宿の食事でこの外来と同じものが食べられるんですけどね。そんなに脂っこくないので大丈夫だと思いますよ。