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恩納村から慶良間へのツアーはおそらくチービシになるかと思います。なので正直あまり満足できないかもしれません。慶良間なら渡嘉敷島や座間味島や阿嘉島に渡った方が楽しいので、最終日の日に朝早く那覇に戻って日帰りした方がいいと思いますよ。

でもお子さん連れならチービシでも良いかもしれませんね。

どっちにつけ恩納村発の慶良間方面ツアーは数が知れていますので、あとは送迎やお値段で選ばれるといいかと思います。

ちなみに最終日の場合は、出航が10時のフェリーで行き、帰りは高速艇で那覇に戻るのが時間的にも楽でいいかと思いますよ。恩納村から出発して午前9時の船はかなりきついですからね。なので行きはフェリーで帰りは高速艇って感じがおすすめかと思いますよ。午後8時の飛行機ならフェリーでも高速艇でも間に合うと思いますからね（泊港から那覇空港まで30〜45分）。

恩納村から慶良間海域でのダイビングならありますよ。でも那覇発に比べてかなり高いと思います。またシュノーケリングに関しては恩納村発はニーズが少ないので無さそうですね。あくまで単価が高いダイビングもしくは体験ダイビングという前提ならあるかもしれません。

なので体験ダイビングでいいならホテルのツアーデスクにでも聞けばショップを探せると思いますが、シュノーケリングなら那覇まで車で戻って個人手配で慶良間の島に日帰りするのがオススメです。安いし自由ですからね。満足度の面でも個人で慶良間へ渡ってシュノーケリングした方が良いかと思いますよ。体験ダイビングはどうしてもそんなに満足度は高くないですし、またあくまで「慶良間海域」へ行くだけで慶良間の島々の近くまで行くとは限りませんからね。一応慶良間と本島の間にある「チービシ」も慶良間扱いのショップもありますし。

島への上陸も考えるなら那覇まで戻って個人で行った方が良いですよ。シュノーケリングも含めて楽しめるかと思います。

唇が青くなることはそんなに無いと思いますが^^;とりあえずプロがいるツアーに参加するのが良いと思いますよ。恩納村ステイなら真栄田岬までもそんなに遠くないと思いますから、是非青の洞窟ツアーに参加してみて下さいね（その他のシュノーケリングツアーでもいいと思いますよ）。ホテルによってはツアー送迎もできるかもしれませんので、いろいろツアー業者に聞いてみて下さいね。

あと観光としてはやっぱり渡嘉敷島がおすすめだと思いますよ。阿波連ビーチとトカシクビーチというきれいなビーチが２つもありますからね。あと展望台からの景色もきれいですので、渡嘉敷島はとてもおすすめだと思います。渡嘉敷島の阿波連ビーチならあわよくば天気が良くなってシュノーケリングしたくなってもレンタルが充実していますので、いろいろな意味でおすすめだと思います。
けど渡嘉敷島の場合は港からビーチまで離れているので、移動手段が問題になりますけどね。ビーチを絞って行くなら島内のバスでも問題ないですが、いろいろ島を観光するならレンタカーを借りることをおすすめします。

ちなみに徒歩でいろいろ回りたい場合は阿嘉島がおすすめです。港と集落が近いですし、その集落からニシ浜まで徒歩３０分、ヒズシビーチまでも徒歩１０分ぐらいで行けますし、前浜というビーチは集落の真横にありますので。でも阿嘉島の場合はビーチに行く以外の展望台などの観光巡りはあまりないので、のんびりするなら阿嘉島はおすすめだと思いますが、いろいろ観光したいなら渡嘉敷島がおすすめだと思います。

それと補足まで、時期的にホエールウォッチングの最盛期なので、半日時間を作ってホエールウオッチングツアーに参加するのもありかと思いますよ。那覇発のものが多いですが、恩納村発のものもありますので、ご検討下さい^^

恩納村のホテルが良いかと思いますよ。ホエールウォッチングも恩納村発のツアーもありますし、リゾート気分を味わうにはちょうど良いかと思います。
ホエールウオッチング自体は那覇発の方が便利ですが、リゾート気分を味わえるホテルはなかなか多くないし、美ら海水族館も遠いですからね。恩納村あたりが一番都合が良いかもしれません。

美ら海水族館へのアクセスも考えると、高速のICが近い方が良いですね。となると一番おすすめなのはルネッサンスですね。ちょっと高いけど、その立地、ホテルの満足度を考えると一押しかと思います。もう少しランクを落とすとホテルムーンビーチ（ムーンビーチパレス）かな？この２つから選ばれると良いかと思いますよ。
http://www.hontou.in/view-hokubu-renaissance.html
http://www.hontou.in/view-hokubu-renaissance.html
http://www.hontou.in/view-hokubu-moonbeach.html

恩納村ステイでその人数で離島へ行くのはちょっと無理かと思います。まずはその13人でどう移動するかが問題ですね。レンタカーでもその人数だと難題にもなっちゃいますね。しかも車を借りていないとなると、正直不可能だと思います。

でもツアーを使えば無人島ぐらいなら行けるとは思いますよ。恩納村発の現地ツアーもありますので。チービシなら恩納村発もありますので、問い合わせしてみて下さい。
http://www.nagannu.com/tourdesk/index.html

あと本部にある業者なら水納島へのツアーをやってくれると思います。シュノーケリングはイマイチですが、ビーチはキレイでのどかな離島なので、こちらも候補にしておくといいかと思います。
http://www.rik.ne.jp/mmc/

恩納村発のツアーはなかなか数が多くないので、まずはお泊まりになるホテルのツアーデスクに問い合わせてみるといいかと思います。恩納村発だと、チービシ・水納島以外に古宇利島バスツアーぐらいならあるかもしれません。