沖縄離島ドットコム

プルメリアを探したことがないので何とも言えないですが、離島桟橋から徒歩５分ぐらいのところにある美崎町の花屋に行ってみるといいかもしれません。知っているなかでもコラボレーションホテル１階にある花屋、コンビニ的商店の隣りにある花屋、２軒がありますね。
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.27.1N24.20.6.3&ZM=10
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.29.1N24.20.8.6&ZM=10

あと農園でプルメリアの苗を売っているらしいですが、離島桟橋からあまりに離れていますので・・・
http://www8.ocn.ne.jp/~turubi/

それと半日の過ごし方ですが、そのまま西表島へ行って過ごされるのが無難かと思います。荷物とかもありますし。
けど竹富島へ行くとしても飛行機の時間からして午後２時の船になると思いますので、島では２時間強は過ごせますね。西表島への船は午後５時が最終ですので、竹富島からは午後４時４５分の船でギリギリ乗り継げるという感じかな（５分乗り継ぎ）。
問題は荷物かと思います。石垣島のロッカーに預けてもいいですが、そうすると乗り継ぎ５分じゃ無理かと思いますので、もし行かれるなら離島桟橋のロッカーや船会社に荷物を預けて、午後２時の船で竹富島へ。午後４時１５分の船で石垣島へ戻って午後５時の船で西表島入りすることになると思います。

でものんびり西表島で過ごされた方がいい気がしますけどね。