沖縄離島ドットコム

1.無料駐車場は近くにありません。基本的に有料です。1時間100円ぐらいだったと思います。なのできれば宿泊場所に車を停めて歩いていくか、レンタカーを必要な日のみ借りるのがおすすめです。

2.ホテル日航八重山にはビジターOKの温泉施設があります。あそこならシャワーも着替えも問題ないと思います。また空港までもホテルを経由するバスもありますので、ホテルにさえ行けばあとはどうにかなると思います。
http://www.ritou.com/spot/view-ishigaki-is41.html

石垣島の離島桟橋。最近は無料駐車場のスペースがほとんどなくなってしまって、レンタカーは必ず有料駐車場へ停めるようにうたってありましたよ。有料駐車場は１時間100円と安いように見えますが、宮古島とかはお金取らないことを考えると、かなり高いですね。日帰りならまだしも、泊まりで行くと丸々１時間100円取られてしまいそうなので・・・

今回日帰りなら、その有料駐車場に無難に停めていくと良いでしょう。無料部分は港の人や地元の人用なので、レンタカーが停めるとひんしゅくを買いそうなので、無難に有料駐車場にね。

レンタカー事務所が遠くなければ、事務所の駐車場に置かして頂いて、離島桟橋まで歩いていくのも手ですけどね。

離島桟橋から徒歩５分、波照間島や与那国島へのフェリー乗り場側に駐車場はありますよ。無料駐車場と有料駐車場があるかと思います。ちなみに場所はこんな感じ。

離島桟橋はここ
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.33.1N24.19.59.9&ZM=10
フェリー乗り場の駐車場はここ
http://www.mapfan.com/index.cgi?MAP=E124.9.35.1N24.19.51.5&ZM=10

この２つは徒歩５分もかからないですよ。

レンタカーは宿の場所次第ですが、３，４日目だけで良いと思いますよ。あとは離島桟橋が徒歩圏内なら、徒歩で行くといいと思います。３日目は平久保や玉取なども行って下さいね。川平も３日目で行けちゃうかもしれないので、その場合は最終日はまた竹富島でも良いですし、小浜島なんかものんびりできて良いかもしれませんね。

焼肉のやまもとは、石垣牛を食べたことがないなら、是非おすすめです。要予約で７時には入店しないと肉切れになっちゃいますので、注意しましょう。味は最高ですよ。

ツアーはHISでもいいかと思いますが、１泊付き往復航空券が安くておすすめです。もしHISにない場合は、離島ドットコムトップページ右上のサ○○ツアーでも扱っていると思いますし、トップページ左上の「往復航空券+1泊」のリンクからもいろいろ探せると思います。

離島桟橋の近くには無いですが、ちょっと歩いた場所（徒歩５分くら
い）には駐車場はあります。日帰りで使うなら、与那国や波照間へのフ
ェリー乗り場近くの無料駐車場でもいいと思いますが、長時間停めると
なると、その近くの有料駐車場がオススメです。

ちなみにホテルはどちらですか？