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３日目は西表島泊がいいと思います。問題は２日目をそのまま石垣島泊とするか、西表島泊とするかですね。でもどちらもそんなに過ごし方は変わらないと思いますので、あとは石垣島に２泊するか、西表島に２泊するかを決めればいいと思います。

そうなると２日目は竹富島日帰り案がいいですね。そのまま石垣島に戻って泊まっても、石垣島経由で西表島にそのまま行っても良いですしね。

３日目も朝一番の船で西表島に渡っても良いし、前泊しても同じスケジュールが送れると思います。

３日目は無難に西表島観光かな〜？由布島＆マングローブツアーでも良いですし、レンタカーを刈りでご自分でいろいろ回るのも良いですし、ピナイサーラツアーにも参加できますしね。
個人的にはピナイサーラの滝上まで行くツアーがおすすめなんですけどね。ちょっと体力がいりますけど、それ以上の感動が得られます。
まぁ無難なところでは由布島＆マングローブ遊覧船ツアーですけどね。