沖縄離島ドットコム

黒島だと「なかた荘」さんがおすすめです。すっごくきれいですし、個室なので襖のみで仕切られている宿よりはマシだと思います。あと他の部屋とは廊下で分けられた洋室もあるようですので、予約の際にいびきの話（笑）などをして相談してみてはいかがでしょう。
http://www.ishigaki.in/view-kuroshima-nakata.html

波照間島は食事無しの素泊まりになりますが、美波さんがおすすめです。１部屋１部屋離れになっていますので、他の部屋と壁１枚で隣接することはないので、まさにおすすめかも？食事については、波照間島でも外食できる店が数軒ありますのでなんとかなると思います。
http://homepage2.nifty.com/minami85/

食事付きだと星空荘が無難かな〜？
http://www.ishigaki.in/view-hateruma-hoshizora.html

星空荘は個室ではありますがたしかに狭いですよね
狭くて圧迫感があるような感じですね
泡波が目的の一番でしたらみのる荘しかないのでは
ただ新館と言ってももうだいぶ古いですね
島の売店でミニボトルサイズのが買えればいいんでしょうけどね
買えれば美波でもいいかもね
港のターミナルでもセットですが一応は売っていますよ
しっかし泡波ってそんなに美味かったけ？？

その２つの宿なら食事的には一番無難かと思います。

某食事がむちゃくちゃ多い宿については、かなり癖がありますけどね。でもヤギ汁のようなものは出てこないのでご心配なく。

基本的に民宿ではディープな料理はほとんど出ませんので、心配いらないと思いますよ。ごくごく一般的な沖縄の家庭料理（沖縄料理と本土の料理のミックス）が多いです。

ちなみに星空荘は個室ですがゆんたく（他の宿泊客との交流やお酒）は無いものと考えて下さい。みのる荘はゆんたく有りですので、その点で選ぶと良いと思います。

黒島からはバラスツアーはありません。バラスは西表島の上原周辺からが基本ですね。でも黒島からはパナリツアーがありますので、これは行ってみた方がいいかも。途中黒島沖でシュノーケリングさせて頂けますので、これがかなりいい感じ。民宿くろしまさんに問い合わせてみると良いでしょう。他の宿に宿泊しても参加できますので是非！

西表の宿はなかなか・・・管理人は安宿かあけぼの館かって感じなので、あまり宿は良く理解していないです。。。上原集落がなにかと便利なので、以下のサイトでいろいろ検討してみて下さい。
http://yaima.cool.ne.jp/iriomoteshukuhaku.html

黒島は是非抑えておいて欲しいですが、西表島と波照間島はどっちか悩みますね。両方行くのは時間的なロスがあまりに大きいので止めた方が良いと思いますが、アクティブに過ごすなら西表島。のんびりすごすなら波照間島って感じで決めると良いでしょう。

ちなみに波照間島では無難なところでみのる荘。個室希望なら星空荘。素泊まり食事無しで安上がりにするならNAMI・美波あたりが良いかと思います。

宮古島はかなり楽しまれた！っていうかフルコースを堪能したのですね。あとは伊良部島＆下地島くらいか〜って感じですね。

でも今度は八重山旅行を説得中（笑）なのですね。

来間島の海よりキレイなビーチといえば、やっぱり波照間島のニシ浜でしょうか。ここ以上の海は見たことないですからね。シュノーケリングでは来間島にはかないませんが、でもビーチのきれいさはまさに離島の中でも１，２を争うくらいキレイです。
波照間島はサイクリングにもおすすめなので、かなりご希望に近いかと思います・・・が・・・ホテルライクな宿が無いんですよ〜。強いて言えば星空荘かな。この程度です。星空荘は波照間島では数少ない個室がしっかりしている宿で、しかも目の前に夜遅くまでやっている商店があるのでビールとかも買えますからね。宿で飲むのもいいし、目の前の公園で飲むのもいいし、ガヤガヤしない宿をご希望なら星空荘がいいかと思います。
でも食事は普通の民宿の食事になると思いますけどね。おいシーサーと比較してはいけません（笑）。あそこは特別ですよ。
http://www.ritou.com/spot/view-hateruma-hr1.html

あとは黒島の海もキレイですね。西の浜なんかはビーチとしてはキレイですが、おすすめなのは黒島へ行く途中の船から見える、黒島沖の海の色。これまら感動的なんです。船の室内にいては見れない、外のデッキにいる人しか見れない格別の景色なんです。
http://www.ritou.com/spot/view-kuroshima-k12.html

いかがでしょ？